従業員は、給料(課税売上)から仕入れ税額控除を
しようとする場合、現在の特定支出のような経費を
計算して申告することになります。
もしくは簡易課税を選択しますが、その場合は
おそらく第5種か第6種事業になると思います。
これは個人事業の外注さんと同様です。