給料に消費税を課す場合は、従業員の労働の提供を
事業とみなすことになります。
従業員がインボイスを登録すれば、その人の給料は
会社の消費税の計算上、仕入れ税額控除をすることが
できます。
従業員分の消費税は、従業員が直接納税するのではなく、
会社がまとめて源泉徴収のような形で納付することに
なるかもしれません。